Sau chiến thắng giặc Phẻ 1754, Hoàng Công Chất đóng quân trong thành Tam Vạn để xây dựng vùng Mường Thanh thành căn cứ địa lâu dài.

Năm 1758, Hoàng Công Chất quyết định cho xây dựng thành Bản Phủ một thành lũy vững chắc và kiên cố hơn thành Tam Vạn làm thủ phủ của nghĩa quân.

Đến năm 1762, thành Bản Phủ được xây dựng xong.

Trong khoảng thời gian từ 1758-1762, nghĩa quân Hoàng Công Chất vừa xây dựng thành Bản Phủ vùa hoạt động ra khắp 10 châu của phủ An Tây, phía bắc đến tận vùng Vân Nam (Trung Quốc), phía nam đến tận Ninh Bình, Hòa Bình, Thanh Hóa ngày nay.

Năm 1769, quân Trịnh tấn công Mường Thanh, xóa bỏ vùng cát cứ của Hoàng Công Toản (con Hoàng Công Chất), đánh úp và phá hủy thành Bản Phủ.